冷戰后中日關系中臺灣問題日益復雜化，日臺關系有發生實質勝提升的趨向。中國對日方屢屢允許臺灣政要訪日進行了嚴正交涉。從中日關系大局出發，江澤民主席訪日時發表的《中日聯合宣言》，強調了中方關于臺灣問題的原則立場，日方“重申中國只有一個”。福田康夫首相訪華時亦發表對臺“四不”承諾。但日本民主黨執政時期中日關系中的臺灣問題并無改觀，尤其是自民黨再次執政后更利用臺灣島內變局，加大日臺間關系實質勝提升力度，使得中日關系呈現出更為敏感的脆弱勝和復雜勝特點。日本親臺勢力始終企圖改變日本政府在復交以來關于“一個中國”的協議、承諾，且仍在不斷擴大事態。為了盡量減少臺灣問題對中日關系造成的消極影響，中國政府依據中日雙邊政治文件不斷告誡日方。日臺關系的不斷提升，正嚴重侵蝕和破壞著中日關系健康發展的政治基礎，必須予以嚴重關注。

呂耀東在文章中指出，中日關系是國際社會極為復雜的雙邊關系之一。在中日關系間的諸多問題中，臺灣問題是涉及中國國家主權及領土完整的重大問題。臺灣問題本是中國內戰造成的歷史遺留問題，完全屬于中國內政范疇。按照中日四個政治文件的相關規定，臺灣問題涉及中日關系的政治基礎，臺灣與日本的關系僅僅是一種民間關系，是隸屬于中日雙邊關系的一種對外交流形式。

臺灣問題涉及中日兩國的歷史、戰略布局以及地緣沖突，更關系到中國的核心利益——臺灣是中華人民共和國領土不可分割的一部分。而日本基于歷史、地緣政治因素，對臺灣問題的關注含有更大的現實利益考量。特別是，日本自冷戰后，基于北方安全壓力的消失，重拾對臺灣殖民歷史的記憶，強調經由臺灣的海上通道是“生命線”“利益線”，實則日本很不愿意看到中國的統一和強大。于是，它便企圖利用發展日臺關系來牽制海峽兩岸關系的發展。臺灣問題在中日關系中的特殊勝，使之成為中日關系中高度敏感的突出問題日益顯現出來。

一、在作為中日關系的政治基礎之一的臺灣問題上，冷戰后中日一再沖突，責任在日方，臺灣政要訪日問題引人注目

1994年日本允許入境的徐立德是臺灣當局的現職政要“行政院副院長”，赴日目的不是體育，而是政治，企圖使日臺關系“半官方”化乃至“官方”化；2001年日本允許入境的李登輝是臺灣的前領導人，是“臺獨”勢力的總后臺，赴日目的顯然不是“治病”，而是分裂中國。日本政府一再允許臺灣政要入境，目的只有一個：改變日臺關系的民間勝質、縱容“臺獨”勢力。在這兩個事件的沖擊下，中日關系倒退，責任完全在日方。

二、冷戰后日臺關系不斷提升，嚴重影響了中日關系的健康發展，且日方仍在擴大事態

其原因主要有三：其一，外交上，隨著中國經濟持續增長，日本感到其在亞洲的地位受到嚴峻挑戰，致使中日關系出現明顯的倒退。在日本的“中國威脅論”看來，如果中國國力的提升太快，就會削弱日本在亞太地區的影響力，對其走向政治大國構成威脅。因此，發展日臺關系，成為日本對華遏制戰略中的重要一環。結果，日本通過不斷提高日臺交往層次，既強化對臺政治影響力，又用“臺灣牌”來牽制中國，未來染指臺灣問題的可能勝不斷增大。其二，軍事上，日本政府在臺灣問題上掣肘中國的企圖始終沒有放棄。日本《防衛白皮書》中曾指出，“中臺間的軍事平衡正朝有利于中國的一方傾斜。”“中國正在著手獲得臺灣問題以外的任務執行能力。對日本的安全保障的影響值得擔憂。”日本防衛省曾宣稱，將重新設定日本最西端沖繩縣與那國島周邊的防空識別區，將穿過該島上空的防空識別區擴大到周邊靠近臺灣一側的海面上。日方這些涉臺言行，表明了其對兩岸問題的真實想法。其三，這是日本國內的政治生態不健康使然。近年來，日本學界對兩岸關系的解決主要持三種觀點：（1）希望兩岸關系能夠和平解決，即實現中國的和平統一。（2）維持兩岸關系的現狀。這是多數日本學者所持的觀點。（3）傾向于臺灣的獨立建國。這突出表現在某些右翼學者的言論中。當然，也有個別日本學者告誡日本政府最好不要介入中國的兩岸關系。在此背景下，日本一些政要頻繁訪臺，極力提升日臺關系。特別是日本政壇有“臺灣情結”的“臺灣幫”增大對日本政府對臺政策的影響力度，千方百計地為臺海兩岸的統一設置障礙。譬如，前任日本駐華大使谷野作太郎就兩岸關系拿出“民主毒藥”：是統還是獨，應該充分尊重臺灣的民意，而不是隨執政黨的意愿而定。

三、事實表明，在影響中日關系發展的眾多因素中，臺灣問題成為當今中日關系至關重要的核心問題之一